La couleur par défaut des répertoires est un bleu foncé, par très visible pour mes fonds souvent sombres...

Pour modifier les couleurs:

Créer le fichier ~/.dircolors

dircolors -p > ~/.dircolors

Éditer le fichier ~/.dircolors (tout est commenté à l'intérieur), et adapter les couleurs comme on veux...

Rajouter la ligne suivante dans le ~/.bashrc

eval `dircolors -b ~/.dircolors`
alias ls='ls --color=auto'